L'origine de Bonifacio n'est pas vraiment précisée dans les ouvrages, mais des dates approximatives déclarent sa création entre 828 et 833 par Boniface, marquis de Toscane, qui baptisa la ville. Comme tous les ports de commerce, Bonifacio a une longue histoire et au travers des époques, la ville a subie des mouvances sociales de grandes ampleurs.

Bonifacio est issue d'un conflit guerrier entre Pise et Gênes, ces deux grandes villes se disputant avec acharnement cette citadelle qui était un maillon stratégique militaire et un complexe portuaire sans égal dans la Corse. Dans un premier temps, Pise fût maitresse des lieux jusqu'à la fin du XII^ème siècle, or, la réelle fondation de Bonifacio remonte en 1195, la ville fût colonisée par les Gênois qui imposèrent à la ville des modifications militaires structurelles importantes.