En 1215, durant son voyage d'Espagne en Italie, Saint François d'Assise se réfugia à Bonifacio dans une grotte du couvent St Julien.
En 1541, l'empereur Charles Quint séjourna dans le "château" de Bonifacio. Chaque année, une fête lui est dédié .
En 1793, le jeune Bonarparte et ses troupes débarquèrent à Bonifacio, son objectif étant de conquérir le nord de la Sardaigne par la prise de la Maddalena, bataille qui malheureusement se révéla être un échec. A cette époque, Bonaparte avait 23 ans et ne possédait toutes les qualités d'un grand stratège, d'ailleurs peu d'écrits relatent les faits de cette période.